[기업소송팀 칼럼] 스톡옵션 과세특례에 대한 대법원 절차 이행 기준

기업 현장에서 벤처기업은 우수 인력 확보를 위해 임직원에게 주식매수선택권(스톡옵션)을 부여하는 경우가 많습니다. 특히 행사 단계의 소득세를 주식 양도 시점까지 미뤄 주는 「조세특례제한법」상 과세이연 특례가 널리 활용되는데, 이러한 혜택이 존재한다는 사실만으로 특례가 당연히 적용되는지가 문제됩니다.

대법원은 2026. 3. 12. 선고한 2025두35079 판결에서 이에 관한 판단 기준을 제시하였습니다.

이 사건은 벤처기업 임직원들이 주식매수선택권을 행사해 주식을 취득하고 행사이익에 소득세를 신고·납부한 뒤, 과세이연 특례 대상이라며 종합소득세 환급을 구하는 경정청구를 한 사안입니다.

과세관청은 임직원들이 행사일 전일까지 전용계좌 개설·특례적용신청서 제출 등 법령상 절차를 이행하지 않았다는 이유로 이를 거부하였고, 절차 미이행 시에도 과세이연특례를 적용받을 수 있는지가 핵심 쟁점이 되었습니다.

대법원은 이 과세이연 특례가 임직원의 금전적 부담과 미실현이익 과세 문제를 완화하기 위한 제도임을 인정하면서도, 과세이연 특례 규정은 엄격하게 해석하여야 한다는 원칙을 분명히 하였습니다. 그러면서 시행령이 정한 전용계좌 개설과 신청서·명세서 제출 등의 절차는 단순한 형식이 아니라 과세이연 특례 적용을 위한 필수적 요건이라고 보아, 절차를 이행하지 않은 행사이익은 과세이연 특례 적용 대상이 아니라며 원고들의 상고를 기각하였습니다.

이번 판결은 과세특례 적용 여부가 혜택의 존부가 아니라 절차의 이행 시점과 방식에 따라 가려진다는 점을 보여줍니다. 그러므로 주식매수선택권을 행사하기 전에 벤처·스타트업 자문 경험이 풍부한 기업 법률전문가와 함께 과세이연 특례 적용 요건과 절차 이행 일정을 미리 검토하는 것이 바람직합니다.

법무법인 비트는 벤처·스타트업 분야에 전문성을 갖춘 기업 변호사들과 검사장 출신 대표 변호사의 풍부한 송무 경험이 결합된 기업소송팀을 중심으로 주식매수선택권 설계와 행사 절차 자문부터 과세이연 특례 검토, 경정청구 및 과세 분쟁 대응까지 아우르는 법률 자문을 제공하고 있습니다.

• 벤처·스타트업과 임직원이 놓치기 쉬운 스톡옵션 과세특례, 절차 미이행 시 과세이연 부정한 대법원 판결(2025두35079)

감사합니다.

법무법인 비트 드림